Oui le coton est déconseillé, il y a déjà eu des accidents avec des hamsters qui se prennent et se cassent la patte dedans. C'est encore plus déconseillé quand il y a des bébés.
Tu peux simplement remplacer par des morceaux de mouchoirs ou de papier toilette non odorants, voir du sopalin (mais moins doux).